Frammenti di DNA sono spesso separati sulla base dimensioni utilizzando un processo chiamato elettroforesi del gel dell'agarosi. Perché il DNA è carico negativamente, frammenti di DNA si muovono in un campo elettrico. Caricando un campione contenente DNA frammenti nei pozzetti in una lastra di gel di agarosio e applicando un campo elettrico, uno scienziato o un tecnico possono separare i frammenti di DNA, come frammenti più piccoli si muovono attraverso il gel più velocemente di quelle più grandi. L'elettroforesi del gel dell'agarosi è ampiamente usato in DNA fingerprinting e sequenziamento del DNA, ma a volte i risultati sono insoddisfacenti e la procedura richiede la risoluzione dei problemi.
Istruzioni
• Provare ad aumentare la quantità di DNA si aggiunge ai pozzetti se le bande di DNA sono deboli o mancanti. La concentrazione potrebbe essere insufficiente, o la quantità potrebbe essere troppo poco. Assicurarsi che, tuttavia, che la quantità di DNA aggiunto per pozzetto non superi 50 nanogrammi. È anche possibile che il DNA è stato degradato; verificare la procedura che si sta utilizzando per purificare o amplificare il DNA per assicurarsi che non si sta contaminando la soluzione con nucleasi (enzimi che degradano il DNA). Se stai colorazione con bromuro di etidio per visualizzare il DNA, usando la sorgente di luce sbagliata potrebbe anche causare questo problema. Provare a utilizzare una lunghezza d'onda corta come 254 nanometri per una migliore lettura.
• Prova a controllare la tensione che si utilizza se si nota che le bande di DNA sono mancanti. Se si utilizza troppa tensione o elettroforesi il campione per troppo tempo, piccoli frammenti di DNA potrebbero migrare tutto il senso attraverso la lastra e proprio fuori il gel. Provare a ripetere la procedura, ma con una tensione inferiore o per un periodo più breve di tempo. Tensione non deve mai superare 20 volt per centimetro. È anche possibile non consentire tempo sufficiente per la procedura, nel qual caso le molecole di DNA di dimensioni simili non possono essere separate da una distanza sufficiente che sia possibile risolvere loro chiaramente. Provare a ripetere la procedura per un periodo più lungo di tempo. È anche possibile che avete bisogno un gel di percentuale più alto, nel senso di un gel che ha più dell'agarosi ed è così più spessa e meno permeabili. Assicurarsi che il buffer che si utilizza quando il gel di miscelazione è lo stesso come il buffer di elettroforesi.
• Provare a diminuire la quantità di DNA si aggiunge se notate che le bande sono spalmate. È anche possibile c'è troppo sale nel DNA o che il campione è contaminato con le proteine; controllare la procedura utilizzata per estrarre e purificare il DNA per elettroforesi per assicurarsi che stai seguendo il protocollo di laboratorio. Verificare anche la capacità di buffer; Se il DNA nelle camere di anodo e catodo è cambiato nel corso del procedimento, si possono avere capacità di buffer insufficiente nel buffer di elettroforesi. Ad alta temperatura o troppa tensione potrebbe anche causare questo problema; la temperatura non deve superare i 30 gradi Celsius durante questa procedura. Infine, piccole bande di DNA possono avere diffuso in una certa misura mentre erano macchiatura per visualizzare le bande. Se quest'ultimo è il problema, provare ad aggiungere il bromuro di etidio durante l'elettroforesi.
• L'elettroforesi del gel dell'agarosi ha limitato il potere di risolvere molto piccoli frammenti..--quelli sotto 200 paia di basi. Se è necessario separare i frammenti di DNA molto piccoli, è possibile invece utilizzare l'elettroforesi del gel di poliacrilammide.