I metodi di enumerazione in microbi possono essere suddivisi in quattro categorie. Metodi diretti coinvolgono contando i microbi, mentre i metodi indiretti implicano la stima. Metodi possibili solo contano le celle che sono metabolicamente attive, mentre i conteggi totali includono cellule morte e inattive.
Diretta/vitali
Un metodo diretto/praticabile coinvolge un conteggio di piatto standard, in cui ripetute diluizioni di un campione vengono conteggiate per calcolare il conteggio del campione originale.
Indiretta/vitali
Metodi indiretti/vitali come MPN (numero più probabile) implicano la realizzazione di un'inferenza statistica il conte di microbo basato su modelli di crescita.
Diretta/totale
I microbi sono contati con l'aiuto di colorazione fluorescente e coloranti, che rendono i microbi visibile con l'ausilio di un microscopio a fluorescenza.
Indiretta/totale
La spettroscopia è una forma di enumerazione indiretto/totale, che coinvolge stimare la quantità di microbi in base alla quantità di luce che passava attraverso la cultura uno spettrofotometro.