Moderni sistemi settici nelle zone rurali..--e raccolta delle acque reflue e sistemi di trattamento nelle aree urbane - sono state progettate per impedirlo, acque luride non trattata o insufficientemente trattata possono fare la sua strada in ecosistemi acquatici. Una vecchia casa vicino a uno stagno o lago può avere un sistema settico obsoleto, mal funziona che permette la depurazione di raggiungere l'acqua. Fogne della città possono essere tassato eccessivamente in tempeste pesanti, consentendo di depurazione di mescolare con deflusso di tempesta.
Eutrofizzazione
Tra le altre cose, delle acque reflue sono piena di sostanze nutritive. Sostanze nutritive negli ecosistemi acquatici sono utili quando in quantità adeguate al momento opportuno e luoghi, ma la quantità eccessiva di nutrienti negli ecosistemi acquatici sono dannosi. Il termine che acquatici ecologisti utilizzano per elevati livelli di nutrienti è "eutrofizzazione". L'eutrofizzazione è un fenomeno naturale, ma può essere accelerato dall'inquinamento.
Forse l'effetto più comune di eccessiva eutrofizzazione è la stimolazione della crescita eccessiva di alghe chiamato una fioritura. Una volta che le alghe crescono e muoiono Essi si decompongono e il processo di decomposizione richiede ossigeno. Questi processi si presentano naturalmente in ecosistemi acquatici, ma con la decomposizione delle alghe eccessiva, sono ridotti i livelli normali di ossigeno nell'acqua e altri organismi acquatici sono privati di ossigeno. Se l'eutrofizzazione è abbastanza grave, praticamente l'ecosistema acquatico naturale può bloccarsi.
Agenti patogeni
Oltre ad alti livelli di nutrienti, depurazione di solito contiene microrganismi che possono essere dannosi per gli esseri umani o animali selvatici. In stagni o laghi con aree balneari e nota o potenziale fonte di acque luride, agenzie di sanità pubblica possono monitorare l'acqua per i contaminanti. Il conteggio dei cosiddetti batteri coliformi fecali è che un indicatore standard della contaminazione e livelli sopra una certa soglia può portare ad una spiaggia essendo chiusa fino a quando il conteggio dei coliforme fecale restituisce a livelli accettabili.
Prodotti farmaceutici
Di crescente preoccupazione sono-The-Counter e prescrizione farmaci tal fine fino nelle acque di scarico. Entrambi i residui di farmaci che passano attraverso il sistema del corpo umano e quelli che vengono smaltiti mediante flussaggio nel cesso introducono questi contaminanti nel flusso dei rifiuti. I potenziali effetti negativi di questa fonte di contaminazione sono insidiosi e di vasta portata. Molti farmaci da prescrizione hanno effetti ormonali e quando questi composti si alza in ecosistemi acquatici possono alterare gli organi del sesso di pesci e anfibi.
Il termine generale per i composti che agiscono in questo modo è "interferente endocrino." Il sistema endocrino---se in un animale umano o di altri vertebrato---funzioni a titolo di ghiandole che rilasciano ormoni nel corpo e controllano molte funzioni corporee. Questo riequilibra il sistema in maniera complessa. Randagi ormoni negli ecosistemi acquatici possono devastare la fisiologia degli organismi acquatici, compresi avendo effetti imprevedibili e gli effetti che gli scienziati devono ancora studiare.