Laghi, ruscelli, fiumi, paludi e acque costiere costituiscono la maggior parte degli ecosistemi acquatici nello stato del Maine. Dipende l'interconnessione di questi sistemi d'acqua dolce e marini il flusso di acqua e salute degli habitat terrestre circostante lungo la strada. Ogni principali habitat acquatico gioca un ruolo significativo nel benessere di altro ed ha sostenuto questa dinamica per milioni di anni.
Fiumi e torrenti
Gli ecosistemi di fiumi e ruscelli del Maine sono indissolubilmente legati alla ripariale (zona terrestre circostante) habitat. Queste zone della riva del fiume asciutto e albero linea inundated frequentemente da inondazioni di fiumi e torrenti. Il terreno ricco di sostanze nutritive che deriva da queste inondazioni supporta la crescita rigogliosa delle piante e zone per il pascolo di mammiferi e anfibi grub-affamati di alimentazione migliore. Oltre la specie di vertebrati che popolano questo ecosistema sono alghe e macro-invertebrati come sanguisughe, lumache, larve di libellula e damselfly, acqua coleotteri e vermi di terra.
Laghi
Due tali ecosistemi acquatici del Maine Sebago Lake e Moosehead Lake. Sebago è noto per essere il più profondo lago nel Maine, mentre Moosehead detiene il titolo di più ampia superficie di qualsiasi lago nello stato. Laghi sono formati da una serie di fattori tra cui l'erosione del substrato roccioso, spostamento glaciale e pressione di erosione fluviale. L'importanza dei laghi per l'habitat terrestre circostante che li non può essere sopravvalutate come ogni habitat si basa sull'altro per sostenere le abbondanti fonti di cibo, riparo e sostanze nutrienti che contengono.
Zone umide
Zone umide Maine agiscono come una vera e propria acqua sistema di filtraggio come catturano acqua dallo scolo nei sistemi della radice delle loro numerose piante acquatiche e utilizzare molte delle sostanze chimiche che possono risultare dannose in acqua potabile umana. Inoltre, le zone umide sono efficaci argini che attenuano la forza o la misura a cui un'alluvione colpisce l'ambiente. Piante nelle zone umide sono adattate per immersione costante in acqua, tale che molti galleggiare lungo la superficie dell'acqua o rimanere sommersi per tutta la vita.
Costiere
Il litorale roccioso del Maine è un habitat fondamentale per un gran numero di specie di gallinacei coral, vegetali, pesce e acqua. Inoltre, la costa serve come un mezzo fondamentale ecologico per il trasporto di nutrienti, cibo e sedimenti dall'ambiente marino verso l'interno e viceversa. L'industria della pesca nelle acque costiere dello stato ha causato gravi danni all'ecosistema, con conseguente diffusi sforzi di recupero e restauro conservativo da parte del governo.