Prima di DNA possa essere sequenziato, testato o analizzato, deve prima essere estratto dalle celle. Le cellule contengono molte altre molecole come proteine e lipidi; Tuttavia, e uno scienziato naturalmente vuole ottenere una soluzione di DNA che è più puro possibile. Comuni metodi di estrazione del DNA implicano l'uso di isopropanolo o etanolo in un passaggio del processo.
Proprietà
Sia l'etanolo e isopropanolo mescolare acqua di pozzo (sono miscibile con), ma hanno costanti dielettriche inferiore rispetto all'acqua, che significa che la loro capacità di proteggere le cariche positive e negative nella soluzione e tenerli separati è molto più poveri. La costante dielettrica per acqua, per esempio, è 78,5, mentre la costante per l'etanolo è 24,3. DNA è carico negativamente, si è attratti da ioni positivi nella soluzione come potassio o di sodio. L'etanolo ha una capacità più povere rispetto all'acqua di tenere separati gli ioni carichi positivamente e il DNA.
Concentrazione
Etanolo rende anche il DNA meno solubile per un altro motivo. Poiché le molecole di etanolo possono formare interazioni chiamati legami idrogeno con le molecole di acqua, fanno diminuire il numero di molecole di acqua disponibile per idratare il DNA. Tra questo effetto e dalla costante dielettrica bassa, l'etanolo provoca fondamentalmente il DNA di aggregare con ioni positivi nella soluzione, formando un solido o precipitare nella parte inferiore del tubo. Precipitazione del DNA serve a rendere più concentrato perché altri contaminanti nella soluzione non sono precipitati allo stesso tempo.
Considerazioni
Il lavaggio di etanolo serve anche per rimuovere i contaminanti di basso peso molecolare come sali e detergenti. Il sale scelto può variare a seconda che sia necessario per far precipitare il detersivo di solfato dodecilico di sodio da un passaggio precedente; solfato dodecilico di potassio, ad esempio, è insolubile e sarà precipitato, così utilizzando acetato di potassio in una lisi alcalina può rimuovere la SDS prima dell'aggiunta di etanolo/isopropanolo. Etanolo utilizzabile anche per precipitare il RNA per le stesse ragioni, anche se la precipitazione di RNA in genere richiederà più etanolo.