Immunohistochemistry, o IHC, è stato utilizzato nella comunità scientifica fin dal 1941. Sfrutta la specificità del legame dell'anticorpo agli antigeni tessuto-specifici; il metodo è stato utilizzato storicamente per identificare e diagnosticare le popolazioni delle cellule del tumore. Gli aspetti svantaggiosi di IHC tendono a derivano dalla sua mancanza di specificità, difficoltà di interpretazione e bassa percentuale di riproducibilità.
Photobleaching
Photobleaching si verifica quando i coloranti fluorescenti utilizzati in IHC degradano a causa della sovraesposizione. I radicali dell'ossigeno, che derivano dalla fotochimica di fluorescenza, reagiscono con i coloranti e alla fine li distruggono. Quando visualizzato IHC preparato diapositive tramite microscopia confocale, il laser ad alta intensità può rapidamente diventare inutilizzabile i marcatori fluorescenti sulla diapositiva dopo solo poche visite.
Marcatore infedeltà
A causa della natura costante mutamento del progresso scientifico, molti marcatori una volta pensati di essere esclusiva di alcune malattie possono essere dimostrati di essere non esclusiva — e così scortese — indicatori. Ad esempio, se l'antigene MIC2 è stato originariamente pensato per essere precisi a EWS-PNET (sarcoma di Ewing), più successivamente gli studi hanno rivelato che una miriade altri disturbi anche condividono l'antigene.
Non-specificità
Non-specificità si verifica quando la fluorescenza in un dato campione non è limitata a qualsiasi tipo di cella specifica (chiamato anche falsi positivi). Non-specificità del legame marcatore fluorescente può non solo campioni di rifiuti, ma se non viene rilevata, anche portare ad analisi errata.
Natura qualitativa dell'analisi
IHC si basa sull'osservazione qualitativa. Al fine di concludere nulla di IHC, uno deve segnare un campione manualmente, che coinvolge decidere quali celle in una determinata diapositiva hanno fluoresced e a volte anche contandoli a mano. Decidere quali celle sono fluoresced può essere particolarmente problematico, come segnare risultati possono variare notevolmente a causa della qualità dei coloranti utilizzati, la lunghezza di tempo che il campione di cellule è state esposte alla tintura, così come la sentenza del marcatore. Come tale, esiste solo un livello molto basso, segnando la riproducibilità.