Sequenziamento shotgun è un approccio alla sequenziazione l'ordine delle coppie di basi in un genoma. Era uno dei due approcci utilizzati per sequenziare il genoma umano, l'altro essere impiegato l'approccio in tre fasi dal progetto genoma umano federalmente.
Caratteristiche
Nel sequenziamento shotgun, molte copie di un cromosoma sono tagliate a dadini in pezzi più piccoli utilizzando enzimi chiamati enzimi di restrizione che fare tagli nel DNA. Questi piccoli pezzi sono poi clonati o copiati in batteri e sequenziati.
Funzione
La chiave per sequenziamento shotgun è che molti dei frammenti contengono sequenze sovrapposte o segmenti chiamati contigs (abbreviazione di sequenze contigue). Una volta che i frammenti sono stati sequenziati, i dati possono essere assemblati in un computer per ricostruire la sequenza originale dell'intero cromosoma.
Considerazioni
Il metodo di sequenziamento shotgun intero genoma è più adatto per piccoli genomi degli organismi più semplici che non dispongono di genomi con numerose sequenze ripetitive. Genomi con molte sequenze ripetitive sono più impegnative, poiché il computer potrebbe non essere in grado di assegnare sequenze identiche nella posizione appropriata. Ciò nonostante, sequenziamento shotgun è diventato un approccio ampiamente utilizzato per il sequenziamento del genoma.