Macchiarsi nordico è stato sviluppato da James Alwine e George Stark. Il blot "Del Nord" di nome proviene da un'analogia con la macchia "Del Sud" precedentemente inventata inventata da Edwin Southern. Mentre una macchia australe misure del DNA, una macchia nordica rileva RNA. Essa è eseguita in più fasi e può essere utilizzato per confrontare le quantità relative delle varie forme di RNA, rilevare le dimensioni di un determinato RNA e individuare forme diverse di un determinato RNA.
Esecuzione di una macchia nordica
Macchiarsi nordico implica diversi passaggi. In primo luogo, il RNA viene eseguito su un gel di agarosio che lo separa dal peso. il RNA viene poi trasferito a un foglio di microcellulose o altra membrana. Questo foglio viene quindi incubato con una sonda di DNA a filamento singolo che è complementare al RNA di interesse. La sonda si legherà al RNA. Anche se le sonde sono invisibili, sono radioattivi o legato ad un enzima che consente di visualizzarli successivamente. Questo modo è possibile quindi direttamente visualizzare la sonda e individuare il RNA di interesse.
Determinare la dimensione di trascrizione
Eseguendo il RNA di dimensioni note accanto al vostro RNA sperimentale, è possibile determinare la dimensione del vostro RNA di interesse. Il controllo RNA viene chiamato una scaletta e viene di solito con un colorante che lo rende visibile a occhio nudo quando esegue in un gel. Altre scale sono radioattive, o possono essere colorate con bromuro di etidio per il rilevamento. Confronto tra il posizionamento del vostro RNA di interesse con la scaletta, che vi darà un senso del suo peso molecolare.
Rilevamento delle varianti di splicing alternativo
Una sonda progettata correttamente verrà associato a tutti gli RNA complementare ad esso. Pertanto, se il nostro RNA esiste in forme diverse, la sonda si legherà ancora ad esso. Queste diverse forme, conosciute come varianti, della giuntura verranno visualizzato come bande separate. Varianti di splicing sorgono quando trascritti di RNA vengono elaborati per rimuovere le varie regioni. Finché il vostro tratto di acidi nucleici complementari è rimasta nella trascrizione, la sonda si legherà.
Confronto dell'abbondanza relativa trascrizione
Se si dispone di diversi campioni, è possibile confrontare direttamente quanto RNA di interesse si trova in ogni campione eseguendoli fianco a fianco. La trascrizione più presente, più la sonda si lega, e più scuro la band apparirà al momento del rilevamento. In questo modo, è possibile ottenere un tatto per la quantità di RNA in un campione rispetto a altro.