In tutti gli ecosistemi c'è una continua interazione ciclica tra biotica (vivente) e abiotici (non viventi) componenti. In particolare, gli organismi viventi come piante vascolari, alghe e microbi influenzano direttamente il suolo, acqua e le condizioni atmosferiche e le proprietà. Ciò è aggravato dall'elevata mobilità e distribuzione lungo di alcuni sistemi di acqua e l'atmosfera, che può trasportare questi effetti sulle lunghe distanze. Effetti diretti sul suolo, nell'acqua o l'atmosfera possono portare a effetti indiretti sugli altri due sistemi. L'aria inquinata può essere depositato nel suolo e acqua mentre processi nel suolo possono influenzare la qualità dell'aria e dell'acqua.
Terreno
Sistemi della radice di alcune piante vascolari possono penetrare terreni densi con elevate densità di massa, una misura della massa di terreno in un dato volume. Questa penetrazione può abbassare la densità apparente del suolo, che a sua volta può aumentare la capacità di trattenere l'acqua del terreno, trasporto di ossigeno in tutto il profilo del terreno e anche in grado di stabilizzare il terreno di superficie soggette a erosione dal vento e dall'acqua. Organismi viventi influenzano anche i componenti chimici del suolo attraverso processi di decomposizione e la respirazione. Come piante e organismi del suolo muoiono, i loro tessuti si decompone, reintroducendo carbonio, azoto e fosforo nel terreno.
Qualità dell'acqua
Popolazioni microbiche del suolo sono in grado di sequestrare le sostanze nutritive in eccesso prima che entrino in terra e delle acque superficiali. Quando sistemi di acqua, come le zone umide, laghi e ruscelli, riceve più sostanze nutritive che sono in grado di elaborare in modo efficace, popolazioni di alghe possono fiorire, riducendo la disponibilità di luce sotto la superficie e che consumano l'ossigeno disciolto come si decompongono. Insieme con i microbi, piante sono in grado di utilizzare alcuni dei nutrienti nel suolo, riducendo ulteriormente il carico di nutrienti nelle acque adiacenti. Piante possono anche proteggere il suolo dall'erosione e quindi prevenire suolo da impatto dell'acqua. Carichi di sedimento a ruscelli e laghi possono nube l'acqua, alterare il flusso d'acqua e le dinamiche e contamini approvvigionamenti di acqua potabile.
Atmosfera
Attraverso la respirazione in ambienti anaerobici, privo di ossigeno, come laghi e zone umide nei sedimenti, comunità microbiche possono rilasciare gas serra come il protossido di azoto, solfuro di idrogeno e metano nell'atmosfera. Una volta che questi gas entrano nell'atmosfera, possono essere trasportate intorno al globo, che contribuiscono all'effetto serra e piogge acide. Composti gassosi dello zolfo e di azoto nell'atmosfera possono interagire con vapori d'acqua e diventare pioggia acida. Piogge acide possono alterare il pH delle acque superficiali e sotterranee e possono anche rilasciare composti di alluminio tossici dal terreno, quindi minacciando specie acquatiche, come pesci e invertebrati.