Anche se l'elenco dei diversi tipi di funghi numeri in migliaia, la specie generalmente possono essere raggruppata in quattro famiglie principali. Questi sono saprotrofi, parassita, micorrizici ed endofiti..--anche se alcuni funghi possono estendersi su più categorie. Queste suddivisioni sono categorie di fungo piuttosto che funghi e, anche se tutti i funghi rientrano in uno o più di queste categorie, non tutti gli esempi di saprotrofi, funghi micorrizici, parassitarie o endofiti produrre funghi dei loro propri.
Saprotrofi
Funghi saprotrofi si nutrono di tessuti morti attraverso il rilascio di enzimi per scomporlo nelle molecole gestibile, assorbibile. Questi funghi sono vitali agli ecosistemi perché accelerare il decadimento di materia morta e riciclarlo in un fungo che può essere mangiato da altre creature viventi. Esempi di questo tipo di fungo il fungo shiitake altamente ricercati, reishi utilizzato nella medicina cinese e l'ostrica.
Mycorrhizal
Micorrize funghi formano relazioni simbiotiche con piante e sono spesso visti crescere sui lati delle radici degli alberi. Questi funghi sono ulteriormente suddivise in due sottospecie: endomicorrizici..--che collegano con le cellule della radice di una pianta-- ed ectomicorrizici, che si avvolgono la radice stessa. In cambio il glucosio che ricevono dalla pianta ospite, questi funghi forniscono fosforo e umidità supplementare alla pianta, rendendo questo rapporto reciprocamente vantaggioso. Un esempio di un fungo di micorrize è il fungo di porcini italiani, spesso utilizzato nelle minestre e tartufi di gourmet.
Parassita
Questi funghi crescono sui lati degli alberi e nutrono le sostanze nutrienti del loro ospite. Questa relazione, tuttavia, è lontano da simbiotico, come funghi parassiti non danno alla struttura ospitante e alla fine lo ucciderà. Funghi parassitarie veri morire insieme con l'albero dopo propagare la loro specie rilasciando spore; Tuttavia, alcune specie di attraversare la linea tra parassiti e funghi saprotrofi continuando a vivere nell'host dopo che è scaduto. Sono esempi di questi funghi fungo di miele e il fungo di caterpillar.
Endofiti
Endofiti possono essere visto crescere sui lati degli alberi in piante come funghi parassitarie, ma questi funghi sembrano avere un effetto benefico sulla loro padroni di casa. Alcuni vantaggi includono una resistenza agli agenti patogeni per l'host e il fungo e un trasferimento dei nutrienti. Gli studi sono ancora in corso su questi funghi misteriosi e alcuni scienziati ritengono che alcuni tipi di parassiti e funghi saprotrofi dovrà essere riclassificato endofiti come comprensione delle specie aumenta.