Isole segrete programmati "Pokemon: Emerald versione" di Nintendo non sono accessibili attraverso il gioco onesto. Nintendo ha significato per i giocatori di ottenere i biglietti, che potrebbero essere letta con un e-reader, per questi livelli attraverso eventi locali. Questi eventi sono ora rari inesistente anni dopo l'uscita del gioco. I giocatori devono portare un elemento segreto di biglietteria o mappa, accessibile solo attraverso codici di gioco, per il traghetto a Porto Alghepoli per accedere alle isole segrete.
Isola del sud
Per ottenere il passaggio per l'isola del sud, i giocatori devono portare l'elemento di Eon biglietto per il traghetto di Alghepoli. L'isola è costituita da due schermi. Il secondo contiene un piccolo bosco e un Pokemon segreto. Latias o Latios appare nella foresta, a seconda di quale dei due Pokemon il giocatore ha già incontrato. Un giocatore con un dispositivo di Action Replay è possibile programmare il Biglietto Eone in gioco con il codice "0A6626D3 648DA17A".
Navel Rock
I giocatori possono raggiungere Navel Rock portando l'elemento mistico biglietto per il traghetto di Alghepoli. L'isola ha una grotta con diversi piani, ognuno dei quali contiene un Pokemon di alto livello. Al primo piano è il leggendario Pokemon Lugia e l'ultimo piano è Ho-oh. Utilizzando un elemento finder al piano finale rivela un elemento di cenere sacra. Un giocatore può utilizzare il codice Action Replay "BE39B3A8 280987E1" per aggiungere il biglietto mistico al gioco.
Isola materna
Portando il biglietto Aurora per il Porto Alghepoli traghetto città apre l'accesso all'isola di nascita. La piccola area detiene un puzzle, in cui il giocatore deve raggiungere un triangolo a terra in alcuni passaggi possibili. Se il giocatore ha esito positivo, il Pokemon Deoxys appare per una battaglia. Per ottenere il biglietto Aurora, immettere il codice "483511F5 E6C8E537" per il dispositivo di Action Replay.
Isola di bordo del mondo
Per raggiungere Isola di bordo del mondo, il giocatore deve portare l'elemento vecchio mare grafico il traghetto di Alghepoli. L'isola ha diverse aree di foresta, ciascuno con un piccolo labirinto, ma
Nessun Pokémon selvatici. Alla fine dei labirinti, il giocatore incontra il leggendario Pokemon Mew. Si nasconde nell'erba alta, e il giocatore deve inseguire il alla battaglia. Il codice Action Replay per la vecchia tabella di mare è "5B1CB4D7 10FA9D05".