Lyse è una parola che deriva dal greco e significa semplicemente "split" o ""scoppiare. È una descrizione corretta di ciò che accade alle cellule in un buffer di Lisi, una soluzione che li rompe aperto per estrarre il contenuto. Gli scienziati usano buffer di lisi durante l'estrazione di DNA o proteine dalle cellule per l'analisi, soprattutto nel caso di batteri. Il tipo di tampone di lisi delle cellule varia a seconda del tipo di esperimento, anche se alcune scelte comuni sono i seguenti.
Buffer e sale
Buffer di stabilizzare il pH mentre le cellule sono essere lisate. Tris-HCL è un buffer comune per il buffer a pH 8; Se il pH è desiderato, HEPES è un altro comune buffer chimico in questi esperimenti. Cloruro di sodio sale può anche essere incluso per aumentare la forza ionica, la concentrazione totale dei soluti all'esterno delle cellule. Quest'ultimo è importante poiché l'acqua può diffondere attraverso le membrane cellulari da regioni della bassa concentrazione di soluto alle regioni di alta concentrazione del soluto.
Detergente
Il detergente è l'ingrediente chiave che si dissolve la membrana cellulare, consentendo la fuoriuscita del contenuto. Detergenti sono molecole amphipathic, cioè, molecole con un'estremità che interagisce facilmente con molecole d'acqua mentre il materiale idrofobo o "acqua-temendo" fine non lo fa. Essi possono sciogliere grassi formando micelle, piccoli agglomerati dove le code idrofobiche delle molecole detergente puntano verso l'interno verso le molecole di grasso. Detergenti comuni includono solfato dodecilico di sodio o SDS, NP-40 e tritonX.
Inibitori & agenti chelanti
Buffer di lisi in genere includono anche chelanti come acido etilendiamminotetraacetico (EDTA) o acido etilendiamminotetraacetico glicole etilenico (EGTA). Questi prodotti chimici legano a ioni metallici con una carica di + 2 (per esempio, magnesio e calcio), rendendoli in tal modo disponibile per altre reazioni. Molti dnasi (proteine che masticare del DNA) e proteasi (proteine che tagliare altre proteine) bisogno di ioni di magnesio per funzionare, quindi privandoli di questo ingrediente chiave, EDTA ed EGTA aiutano a ridurre il livello di proteasi o dnasi attività. Essi non lo esclude completamente, tuttavia, e alcune proteasi non dipendono da cofattori di magnesio, quindi il buffer di lisi talvolta includono anche prodotti chimici chiamati inibitori della proteasi, che si legano alle proteasi e impedire loro di funzionare correttamente.
Lisi alcalina
Lisi alcalina sono una tecnica molto comune per la purificazione plasmidi da batteri. Questo metodo prevede tre soluzioni. Il primo contiene glucosio, tampone tris-HCL, EDTA e RNasi. Il glucosio crea un'alta concentrazione di soluto fuori i batteri così diventano un po' flaccidi, che li rende più facili da lisare; la funzione di EDTA e tris-HCL come già descritta, mentre la RNasi sarà masticare su qualsiasi RNA all'interno della cellula per farlo fuori del modo. La seconda soluzione in realtà lisi delle cellule. Questo contiene detergente SDS e NaOH, che solleva il pH a 12 o superiore, denaturazione di proteine all'interno della cellula e causando DNA separare in singoli fili. La terza soluzione contiene acetato di potassio per ripristinare il pH ad un livello più neutro, così i filamenti di DNA del plasmide possono tornare insieme. Nel frattempo, le proteine denaturate ciuffo fino e precipitano, mentre gli ioni solfato dodecilico si fondono con gli ioni di potassio per formare un composto insolubile, che precipita anche dalla soluzione.