Studi di arricchimento richiedono il calcolo dei dati di sequenziamento per determinare il livello di copertura. Ciò avviene principalmente con i laboratori di sequenziamento del gene che richiedono preparazione del campione di DNA integrata e pool di pre-arricchimento. Copertura di sequenziamento di calcolo richiede l'utilizzo di variabili che includono la copertura media sequenziamento, totale mirata basi e l'efficienza di arricchimento. Eseguendo questo calcolo viene fatto inserendo tutte queste variabili in un'equazione.
Istruzioni
• Scrivere l'equazione utilizzata per calcolare la copertura media sequenziamento. Questo aspetto come la copertura desiderata divisa per media copertura normalizzato. Se la copertura desiderata è 10x e la copertura media normalizzata è 0.2, quindi la copertura media sequenziamento è 50.
• Scrivere l'equazione utilizzata per calcolare la quantità di sequenziamento. Questo avrà un aspetto simile (totale basi mirati) /(enrichment efficiency) (copertura media sequenziamento) = quantità di sequenziamento.
• Plug in 62 MB per "basi totali mirate" e 0.65 per il "efficienza di arricchimento". Aggiungere la quantità di copertura di sequenziamento di 50 x e l'equazione avrà un aspetto simile (62) 50/0.65. Il risultato dell'equazione sarà 4,8 GB di dati di sequenziamento.